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重复


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阵列

在找齐的95个家族成员里,有28个带有肉眼可辨的重复阵列,每串包含3到21个拷贝;
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它随即自问,这会不会是某种类似CRISPR的重复阵列?
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更有意思的是外部工具带来的影响:如果把DNA序列直接贴进上下文,最强的几个模型有九成以上能认出重复阵列;
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的基因组时,就已经注释出了这个家族的逆转录酶,甚至推测它上游有一段非编码RNA,但论文里既没写重复阵列,也没提搭档基因。
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序列

成果发布后,社交媒体上有人调侃:从一段DNA里找重复序列,不过是一道
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报告特别强调,这个会话全程没有运行过任何现成的重复序列查找工具,那串重复完全是它在通读原始序列时自己看出来的。
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智能体自己编写脚本,精确计算出该位点存在14个长度为16碱基的重复序列,中间夹着100到200碱基不等、各不相同的间隔序列。
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研究团队把同样的搜索流程重新跑了10次,虽然几乎每次都采样到了ART所在的位点,其中两次还专门跟进过这个家族,却没有一次主动去读逆转录酶上游的原始DNA,10次全部错过了那串重复序列。
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简报原本要找的是编码蛋白质的搭档基因,从头到尾都没提过非编码的重复序列,ART的线索反而来自一个被否决掉的候选对象。
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研究团队把最初发现时的会话记录重新输入Mythos5,在模型内部找到了两个对重复序列敏感的神经元信号:在读到阵列之前完全没有动静,读到第三个重复拷贝前后明显活跃,而一旦把拷贝内的碱基顺序打乱,反应就基本消失。
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完全