通过单细胞转录组数据的逻辑建模来破译细胞状态转换

通过单细胞转录组数据的逻辑建模来破译细胞状态转换

作者： 小柯机器人 发布时间：2026/8/13 15:48:32

本期文章：《分子细胞生物学报》：Online/在线发表

韩国科学技术院（KAIST）Kwang-Hyun Cho小组揭示了通过单细胞转录组数据的逻辑建模来破译细胞状态转换。相关论文于2026年8月12日发表于国际顶尖学术期刊《分子细胞生物学报》杂志上。

该研究团队提出scDECIPHER（复杂相互作用和通路层次的单细胞动态探索者），这是一个综合框架，旨在解决这个问题，主题是通过细胞状态转换测量的单细胞分辨率转录组数据。通过将scDECIPHER应用于人类和非主题癌症样本，课题组发现了克服癌症耐药的隐藏分子调控机制，表明了控制细胞状态向所需方向转变的潜力。

研究人员表示，细胞状态转换是多种细胞命运决定过程的必要条件。这种转变在自然环境中大多是不可逆的，但在某些条件下可以逆转。这就提出了一个问题，即在向前和向后方向的不对称细胞状态转变的基本未知的调节机制。

附：英文原文

Title: Deciphering cell state transitions by logical modeling with single-cell transcriptome data

Author: Kim, Namhee, Cho, Kwang-Hyun

Issue&Volume: 2026-08-12

Abstract: Cell state transitions are essential for diverse cell fate decision processes. Such transitions are mostly irreversible in natural environments, but they can be reversed under certain conditions. This raises a question on the largely unknown regulatory mechanisms underlying the asymmetric cell state transitions in forward and backward directions. Here, we present scDECIPHER (single-cell dynamic explorer of complex interactions and pathway hierarchies), an integrative framework designed to address this question using single-cell resolution transcriptome data measured over cell state transitions. By applying scDECIPHER to human and mouse cancer samples, we uncover the hidden molecular regulatory mechanisms to overcome drug resistance in cancer, suggesting the potential to control cell state transitions towards desired directions.

DOI: 10.1093/jmcb/mjag027

Source: https://dx.doi.org/10.1093/jmcb/mjag027

主题：细胞状态转换|通过单细胞转录组数据