凝缩蛋白

多尺度模拟揭示凝缩蛋白“安全带”介导的底物捕获机制

基于AlphaFold3，研究对凝缩蛋白“安全带”的DNA未结合态和结合态进行了多次独立预测，并创新性地利用预测置信度信息（pLDDT与PAE），以“有效应变”为量化指标，刻画不同功能态下安全带局部构象的柔性与稳定性变化。

研究从分子动力学层面阐明了凝缩蛋白“安全带”捕获DNA的完整动力学过程，提出了DNA捕获效率的“动力学平衡”新模型——在捕获速度与结合稳定性之间实现精妙平衡。

近日，香港科技大学（广州）助理教授楚夏昆团队围绕染色体结构维持复合物中底物（DNA）捕获与锁定的关键生物物理问题，发展并应用了一种基于AlphaFold预测信息的构象分析新方法，结合全原子与粗粒化多尺度分子动力学模拟，系统重建了DNA进入并被凝缩蛋白“安全带”稳定包裹的完整动力学过程。

基于AlphaFold3，研究对凝缩蛋白“安全带”的DNA未结合态和结合态进行了多次独立预测，并创新性地利用预测置信度信息（pLDDT与PAE），以“有效应变”为量化指标，刻画不同功能态下安全带局部构象的柔性与稳定性变化。